Theo Quyết định số 3794/QĐ-UB ngày 09/11/1999 của UBND tỉnh Khánh Hòa về việc kiện toàn tổ chức bộ máy Trung tâm PHCN – GDTE khuyết tật với chức năng và nhiệm vụ sau :
* Chức năng : Trung tâm PHCN – GDTE khuyết tật là tổ chức sự nghiệp có chức năng chăm sóc sức khỏe, chữa bệnh, phục hồi chức năng, dạy chữ, dạy nghề (khi có điều kiện) cho các cháu khuyết tật tại Trung tâm và thực hiện chương trình PHCN dựa vào cộng đồng.

* Nhiệm vụ :
1. Xây dựng kế hoạch ngắn hạn, dài hạn PHCN – GDTE khuyết tật trong toàn tỉnh dưới 2 hình thức tập trung ở Trung tâm và ở cộng đồng trình Giám đốc Sở Y tế phê duyệt và tổ chức thực hiện
2. Khám, quản lý số trẻ em khuyết tật từ 0 đến 15 tuổi trong toàn tỉnh. Tiếp nhận 50 cháu nội trú và bán trú để chăm sóc, PHCN, dạy chữ, dạy nghề cho các cháu theo chương trình của Viện KHGD thuộc Bộ Giáo dục – Đào tạo ban hành.
3. Tổ chức khám phân loại bệnh tật tại Trung tâm; khám định kỳ và khám để phát hiện những trường hợp khuyết tật mới trong toàn tỉnh.
4. Chỉnh hình làm nẹp, đóng giày dép đặc biệt, bó bột, tập vật lý trị liệu cho trẻ em khuyết tật.
5. Cùng các cơ quan đơn vị có liên quan tham gia khám, quản lý theo dõi sức khỏe, hướng dẫn tập luyện để phục hồi chức năng cơ thể cho các cháu khuyết tật còn ở cộng đồng trong toàn tỉnh.
6. Dạy cho các cháu kỹ năng tự lực chăm sóc bản thân như mặc quần áo, rửa tay chân, đi giày dép… Dạy các cháu kỹ năng giao tiếp, ký hiệu điệu bộ kết hợp chữ cái ngón tay, kỹ năng nghe, nói. Dạy văn hóa ( kể cả dạy chữ nối cho các cháu mù) và dạy nghề cho các cháu khi có điều kiện.
7. Tham gia chương trình hợp tác với các tổ chức và cá nhân trong và ngoài nước theo quy định của Nhà nước trong việc PHCN cho trẻ em khuyết tật.
8. Thực hiện các nhiệm vụ khác của Sở Y tế giao.
